1978年以来，经过不断改革和调整，适应国民经济和社会发展的多种层次、多种形式、学科门类基本齐全的中国高等教育体系已初步形成。普通高等学校从1978年的598所增加到1999年的1071所。随着高等教育管理体制改革的不断深入，普通高等学校的办学规模有了较大发展，办学效益明显提高。人才培养层次结构趋向合理，专业结构设置不断优化，向社会输送了大批高级专门人才。近年来，以高校科技产业为主、多方面发展的高等学校校办企业迅速兴起，技术含量高的产品已经打入国际市场。国家集中力量推动“211工程”计划的实施，即办好100所重点大学和一批重点学科、专业，力争在21世纪初，有一批高等学校和学科、专业在教育质量、科学研究和管理水平、办学效益方面有较大提高，达到世界较高水平。目前，“211工程”首期计划已接近尾声。经过5年的努力，在相关部门共同讨论与审核的基础上，已在全国范围内选出的百所高校中安排了近600个重点学科项目的立项建设。这些学科覆盖了人文社会、经济政法、基础科学、资源环境、基础产业、高新技术、医药卫生等领域。教育部要求该工程的二期建设在今后5年内完成。这期间，将继续加大对这些学校的投入与支持。到2005年，力争部分重点学科的学术水平达到国家先进水平，为建设若干世界一流大学奠定基础。在2010年前后，争取若干高校进入或接近世界一流大学水平。
       随着社会主义市场经济体制的建立和各项事业改革的深化，高等教育体制改革成为高等教育各项改革的关键。改革的总目标是：理顺政府、社会和高校之间的关系，建立和完善政府统筹规划和宏观管理，学校面向社会依法自主办学的新体制。经过几年的努力，高等教育在办学体制、管理体制、投资体制乃至高校内部的人事、分配制度的改革方面都取得了一定进展。在1999年中央工艺美术学院并入清华大学之后，2000年北京大学和北京医科大学又行合并，组建新的北京大学。2000年初，国务院办公厅转发了《关于进一步加快高等学校后勤社会化改革的意见》，提出，从2000年起，用3年左右的时间，在全国绝大部分地区基本实现高等学校后勤社会化。其改革的重点，是学生生活后勤改革。在对新建的学生宿舍及其他后勤服务设施的资金投入方面，应坚持主要依靠并充分利用社会的力量和资金的方针；中央和省、市人民政府，还应区别情况，给予必要的经费支持。所有学生宿舍及其他后勤服务设施，均要采用新机制经营、管理。在招生和毕业生就业制度改革方面，也已经迈出了较大步伐。现在全国所有高校招生均实行“并轨”改革，即所有新生不再分为国家的任务和调节性计划两大类，都按同一类录取，并且缴纳学费。学校为贫困生提供贷学金。在学生就业方面，随着劳动人事制度的完善，目前主要实行“供需见面，双向选择”的就业办法。并将逐步实行除定向招生和享受定向或专项奖学金的学生，按规定方向或合同就业外，其他毕业生基本实行在国家政策指导下自主就业的制度。研究生教育得到空前发展。1949年以前，中国高级专门人才的培养主要依赖国外，国内的研究生教育规模很小，仅有少数高等学校招收数量有限的研究生，共授予硕士学位200多人，没有博士学位。1978年后，中国的教育、科学事业得到全面的发展，研究生教育逐步进入了蓬勃发展的新时期。1978年，全国报考研究生的人数达6.3万人，经过严格考试，录取1万人。1998年授予博士学位8957人，授予硕士学位38051人。2000年全国研究生招生总规模拟按12万名左右安排，比上年增加30％，其中国家计划部分增加20％。这是近十几年来研究生招生规模增幅最大的一次。逐步建立起了学科门类基本齐全、培养质量能得到保证的研究生教育和学位授予体系，初步形成了中国的研究生教育和学位制度，促进了高层专门人才的培养和成长，推动了高等学校和科研机构的科学研究及学科建设工作，为建立中国独立完整的高等教育体系作出了贡献。